La història de la vila va íntimament lligada al monestir. Aquest fou fundat l'any 887 per Guifré el Pelós, que va posar la seva filla Emma al capdavant de la comunitat benedictina. Les abadesses van perdurar fins al 1017, any en què van ser expulsades per una butlla papal acusades de desordres, episodi històric que, temps a venir, faria néixer la llegenda del Comte Arnau.

Amb la expulsió de les abadesses es van anar succeint comunitats de monjos agustinians i benedictins, que van mantenir i augmentar el prestigi del monestir. La importància del seu arxiu i la troballa del cançoner trobadoresc ens donen fe de la important vida cultural que movia el monestir.

Al redós del monestir es va crear la vila de Sant Joan. Al principi els vilatans vivien dispersos en masos i al voltant de la parròquia de Sant Pol, al barri conegut com El Raval. A mesura que anava creixen la població, es va averar necessari la construcció d'una vila emmurallada de nova planta, la que actualment coneixem com Vila Vella. Es va construir a les terres conegudes com El Vinyal, per haver-hi vinyes plantades. La Vila Vella acollia els gremis medievals, entre els més importants els paraires i tintorers, la plaça Major, centre d'intercanvi comercial, i bells edifics dels que avui encara queden reminiscències en alguna finestra gòtica o alguna portalada.

La vila de Sant Joan va seguir les vicissituds marcades per la història de Catalunya, així va arribar a ser capital carlina, va patir les conseqüències de les guerres contra el francès i va anar canviant la seva fesomia i estructura social amb la industrialtizació. Com moltes altres poblacions riberenques amb el riu Ter, Sant Joan de les Abadesses va conèixer la industrialtizació amb la construcció de diverses fàbriques tèxtils que aprofitaven la força de l'energia hidràulica per alimentar la maquinària. La vila també va ser pionera en la fabricació del ciment, ja que l'introductor d'aquest material a la península ibèrica va ser un santjoaní. La Ruta del Ferro permet conèixer aquest passat industrial de la població. Actualment, és una vila dedicada a la indústria, expandint-se cap al sector dels serveis, però conservant no obstant explotacions ramaderes, principalment de vaques, que rememoren el seu passat abocat a la terra.