L'histoire du village est trés liée à celle du monastère. Fondé en 887 par Guifré el Pelós, il a accueilli dans un premier temps une communauté bénédictine gouvernée par sa fille Emma. Les abbesses ont été chassées par une bulle du pape, dénoncées par ses excès, un fait historique, qui, temps à venir, donnairait lieu à la légende du Comte Arnau, la plus populaire du pays.

Avec l'expulsion des abbesses, les communautés masculines de bénédictins et d'augustiniens se sont succédées et ont contribué à augmenter le prestige du monastère. L'importance de l'archive et la découverte du chansonnier des troubadours sont les preuves de l'importance de la vie culturelle abritée par le monastère.

Autour du monastère est née la ville de Sant Joan. Dans un premier temps, les villageois habitaient dispersés dans les différents mas parsemant la vallée, ou dans des petites maisons entourant la parroisse de Sant Pol, dans un quartier connu comme El Raval. Au fur et à mésure que la population augmentait, il s'est fait nécéssaire la construction nouvelle d'une ville entourée de remparts, aujourd'hui connue comme Vila Vella (la vieille ville). Cette nouvelle ville a été bâtie dans un terrain nomée El Vinyal, puisqu'il y avait un vignoble. La ville ancienne abritait les différents corps de métier existant à l'époque: les teinturiers et les préparateurs parmi les plus importants, et la Grand-Place, le centre d'échange commercial, avec les plus beaux bâtiments, desquels nous conservons aujourd'hui quelques fenêtres gothiques ou quelque portail.

La ville de Sant Joan a suivi les vicissitudes marquées par l'histoire de la Catalogne. Elle est dévenue une des capitales carlistes, elle a vécu les guerres contre la France, et finalement, elle a changé la structure sociale et urbanistique avec l'industrialisation. De la même façon que tant d'autres villages riverains de la Ter, Sant Joan de les Abadesses a connu l'industrialisation grâce à plusieures usines textiles qui profitaient de l'énérgie de l'eau pour nourrir les machines. Le village a été aussi pionnier dans la fabrication du béton, puisque la première personne à fabriquer ce matériel dans toute l'Espagne a été un santjoaní. La Ruta del Ferro (le sentier du fer), vous fera connaître ce passé industriel de la ville. Actuellement, Sant Joan vit de l'industrie avec une tendence à augmenter l'importance du secteur services, néanmoins, elle n'oublit pas son passé si lié au terroir et possède encore quelques propiétés d'élévage, notamment de vaches.